تاجر ونیزی از تلفیق دو داستان اصلی و دو داستان فرعی دیگر به وجود آمده‌است. یکی از دو داستان، مربوط به قرضی است که آنتونیو تاجر ونیزی برای کمک به دوست خود بسانیو و تهیه مقدمات خواستگاری و عروسی وی با دختری به نام پورشیا از یک رباخوار یهودی (شایلاک) می‌گیرد. آنتونیو به یهودیان علاقه زیادی ندارد و جملات یهودستیزانه‌ای بر زبان میاورد. عادت آنتونیو در وام دادن بدون سود باعث می‌شود که شایلاک مجبور شود سود کمتری درخواست کند.

شایلاک در نهایت راضی می‌شود که وام را با سود کم بدهد ولیکن تنها به شرطی حاضر می‌شود که اینکار را انجام دهد که آنتونیو سندی به او بدهد که در صورت عدم امکان در پرداخت آن در موعد مقرر مقداری از گوشت بدن خود را، از هر قسمتی که طلبکار مایل باشد، به عنوان جریمه به او بدهد. بسانیو به آنتونیو می‌گوید که چنین شرط خطرناکی را قبول نکند ولیکن آنتونیو قرارداد را امضا می‌کند. بسانیو به بلمونت برای ازدواج با پورشیا می‌رود. پدر پورشیا از دنیا رفته است و وصیتی از خود به جای گذاشته است که هر کسی سبد درست را از سه سبد باقی گذاشته انتخاب کند دختر او را به همسری خواهد برد. اولین خواستگار شاهزاده مراکشی است که سبد طلا را انتخاب می‌کند.

خواستگار دوم شاهزاده آراگون سبد نقره‌ای را انتخاب می‌کند. آخرین خواستگار بسانیو است که پورشیا برای او آرزوی موفقیت می‌کند زیرا او را قبلاً ملاقات کرده است. بسانیو سبد سربی را انتخاب می‌کند و موفق می‌شود با پورشیا ازدواج کند.

در همین زمان در ونیز، کشتیهای آنتونیو در دریا گم شدند و تاجر ونیزی نمی‌تواند قرض خود را بازپس دهد. شایلاک یهودی مصمم است که قرض را از او پس بگیرد زیرا به خاطر اینکه دخترش جسیکا با یک مسیحی ازدواج کرده و مسیحی شده است از مسیحیان متنفر است. شایلاک آنتونیو را به دادگاه می‌برد. در بلمونت بسانیو نامه‌ای دریافت می‌کند که خبر دستگیر شدن آنتونیو به خاطر قرض شایلاک را به او می‌دهد.

بسانیو به همراه پورشیا به سمت ونیز حرکت می‌کند تا به کمک پولی که از پورشیا گرفته است قرض شایلاک را بازپس دهد. اوج داستان در دادگاه دوک ونیز صورت می‌گیرد که در آن شایلاک حاضر نمی‌شود مبلغ 6000 دوکات را که دوبرابر مقدار قرض داده شده است قبول کند. او در عوض مایل به گرفتن گوشت آنتونیو است. دوک ونیز که دلش نمی‌خواهد اینکار را انجام بدهد از یک غریبه درخواست کمک می‌کند. این غریبه بالتازار وکیل پورشیا است. بالتازار به شایلاک می‌گوید که رحم داشته باشد ولیکن شایلاک با اصرار درخواست گوشت آنتونیو را می‌کند. دادگاه مجبور می‌شود که به شایلاک اجازه اینکار را بدهد و شایلاک به سراغ چاقوی خود می‌رود. در این هنگام پورشیا اعتراض می‌کند و می‌گوید که قرارداد تنها به شایلاک اجازه گرفتن یک تکه گوشت آنتونیو و نه خون او را می‌دهد. از این رو اگر شایلاک قطره‌ای از خون آنتونیو را بریزد بر اساس قانون باید مجازات شود. شایلاک شکست خورده و درخواست می‌کند که سه برابر مبلغ قرض به او داده شود. پورشیا این درخواست را رد می‌کند و اشاره به قانونی می‌کند که بر اساس آن چون شایلاک که یک غریبه و یک یهودی است تلاش کرده است که جان یک شهروند را بگیرد باید نیمی از ثروت خود را به دولت و نیمی را به آنتونیو داده و زندگی او در دست دوک باشد. دوک جان شایلاک را می‌بخشد.آنتونیو درخواست می‌کند که نیمی از ثروت شایلاک به لورنزو و جسیکا داده شود. به درخواست آنتونیو، دوک نیمی دیگر از ثروت را که سهم دولت است می‌بخشد به شرطی که شایلاک مسیحی شود.

در این نمایش‌نامه دو داستان فرعی دیگر نیز وجود دارد که یکی از آنها فرار دختر یهودی با مقداری جواهر و پول متعلق به او و ازدواج با یک جوان مسیحی است و دیگر موضوع اصرار وکیل در گرفتن انگشتری نامزدی از موکل خود به عنوان پاداش است که منجر به صحنه‌های خنده‌آور اختلاف و مشاجره ظاهری بین دو عروس و دو داماد می‌شود.