داستان در مسافرخانه «آدمیرال بن بو» شروع می‌شود که متعلق به والدین جیم هاوکین است. یک مسافر مرموز غریب به نام بیلی بونز اتاقی در این مسافرخانه اجاره می‌کند و به جیم هشدار می‌دهد که مراقب مردی یک‌پا باشد. یک روز گدایی به سراغ جیم می‌آید که «پیو کوری» نامیده می‌شود که به او ورقی می‌دهد که به آن نقش «خال سیاهی» نشسته که در میان دزدان دریایی به معنای مرگ قریب‌الوقوع بود. پیو از مسافرخانه خارج می‌شود و بیلی بر زمین می‌افتد و می‌میرد.

جیم نقشه‌یی را در صندوقچه دریایی بیلی می‌یابد، درست پیش از آن‌که پیو با دسته‌یی از دزدان دریایی بازگردد. جیم و مادرش پنهان می‌شوند و دزدان دریایی مسافرخانه را زیرورو می‌کنند تا شاید بتوانند نقشه را پیدا کنند. ناگهان سربازان سر می‌رسند و دزدان می‌گریزند و فقط پیو زیر پای اسبان سربازان جان می‌دهد. با بازبینی نقشه درمی‌یابند ناخدا فلینت،‌ همان دزد دریایی،‌ در کجا گنج خود را پنهان کرده است. جیم هم همراه با دکتر لیوسی و عالی‌جناب ترلادنی به دنبال گنج می‌روند. عالی‌جناب ترلادنی یک کشتی خریداری و تعدادی کارگر کشتی استخدام می‌کند.